Première évidence du virus de la COVID-19 chez la faune canadienne en milieu naturel : Des cerfs de Virginie infectés par le SARS-CoV-2

Pour la première fois depuis le début de la pandémie de la COVID-19, voilà que le virus SARS-CoV-2 a été détecté chez des animaux sauvages en milieu naturel au Canada. En effet, en novembre dernier, l’analyse d’échantillons prélevés sur trois cerfs de Virginie (Odocoileus virginianus) de la région de l’Estrie au Québec a révélé la présence du virus responsable de la COVID-19. Ces cerfs de Virginie ont été échantillonnés dans une station d’enregistrement de grand gibier entre le 6 et le 8 novembre 2021 dans le cadre d’une activité de surveillance mise en place par le Ministère de la Forêt de la Faune et des Parcs. Les individus paraissaient en bonne santé et ne montraient pas de signes cliniques. La détection du virus a été confirmée par le Centre national des maladies exotiques de l’Agence canadienne d’inspection des aliments.

Cette découverte n’est pas étonnante, car la présence du SARS-CoV avait déjà détecté chez des cerfs de Virginie dans plusieurs régions des États-Unis. On croit que les cerfs sauvages ont été infectés via les humains, puisque les lignées virales isolées chez ces derniers correspondent aux lignées issues d’éclosions dans les populations humaines à proximité pendant la même période. Les cerfs de Virginie peuvent potentiellement s’infecter soit par contact direct (nourrissage artificiel, activités de recherche) ou par contact indirect en partageant l’habitat péri-urbain avec les humains. Toutefois, la voie de transmission du virus aux animaux sauvages n’a pas encore été élucidée. Les cerfs de Virginie semblent développer une infection sous-clinique (aucune évidence de maladie comme telle), mais peuvent tout de même transmettre le virus à d’autres cerfs de manière efficace.

Le SARS-CoV-2 est déjà responsable de multiples éclosions chez les animaux sauvages en captivité, notamment chez les grands félins et les primates non-humains dans les institutions zoologiques. Pourtant, il y a encore peu de données sur l’importance du virus dans les populations animales en milieu naturel. Pour l’instant, il n’existe aucune donnée suggérant que les cerfs de Virginie soient en mesure d’infecter d’autres espèces, comme l’humain. Néanmoins, il est quand même recommandé de prendre des mesures de protection de base lorsque l’on est en contact avec un cerf de Virginie (gants, masque et lunettes de protection).

Au Canada, un programme de surveillance en continu ciblant les espèces sauvages susceptibles à cette infection est en cours avec la collaboration des différents centres régionaux du RCSF. Cette surveillance fait partie des actions pour lutter contre la pandémie actuelle, et ce, afin d’identifier rapidement un réservoir naturel.

Pour plus d’information sur le sujet :

Chandler, J., Bevins, S., Ellis, J., Linder, T., Tell, R., & Jenkins-Moore, M. et al. (2021). SARS-CoV-2 exposure in wild white-tailed deer (Odocoileus virginianus). Proceedings of the National Academy of Sciences, 118(47), e2114828118. doi: 10.1073/pnas.2114828118

Cool, K., Gaudreault, N., Morozov, I., Trujillo, J., Meekins, D., & McDowell, C. et al. (2021). Infection and transmission of ancestral SARS-CoV-2 and its alpha variant in pregnant white-tailed deer. Emerging Microbes & Infections, 1-39. doi: 10.1080/22221751.2021.2012528

Damas, J., Hughes, G., Keough, K., Painter, C., Persky, N., & Corbo, M. et al. (2020). Broad host range of SARS-CoV-2 predicted by comparative and structural analysis of ACE2 in vertebrates. Proceedings of the National Academy of Sciences, 117(36), 22311-22322. doi: 10.1073/pnas.2010146117

Environnement et Changement climatique Canada (2021, décembre). Premiers cas d’infection au SRAS-COV-2 chez une espèce sauvage au Canada. Gouvernement du Canada. https://www.canada.ca/fr/environnement-changement-climatique/nouvelles/2021/12/premiers-cas-dinfection-au-sras-cov-2-detecte-chez-une-espece-sauvage-au-canada.html

Hale, V. L., Dennis, P. M., McBride, D. S., Nolting, J. M., Madden, C., Huey, D., et al. (2021). SARS-CoV-2 infection in free-ranging white-tailed deer (Odocoileus virginianus). Biorxiv.

Sharun, K., Dhama, K., Pawde, A., Gortázar, C., Tiwari, R., & Bonilla-Aldana, D. et al. (2021). SARS-CoV-2 in animals: potential for unknown reservoir hosts and public health implications. Veterinary Quarterly, 41(1), 181-201. doi: 10.1080/01652176.2021.1921311 Organisation mondiale de la santé animale (OIE) (2021, octobre). Fiche technique : Infection par le SARS-CoV-2 chez les animaux.

Louise Quesnel, Stéphane Lair, RCSF – Québec