La surveillance environnementale représente une nouvelle stratégie prometteuse pour le suivi des virus de l’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) chez les oiseaux migrateurs. À l’automne 2024, le British Columbia Ministry of Agriculture and Food a mis en place avec succès un nouveau programme de surveillance fondé sur l’analyse d’échantillons de sédiments prélevés dans les habitats d’oiseaux sauvages.
La surveillance a été réalisée durant la migration automnale dans sept milieux humides de la région du Grand Vancouver. Chaque site a été visité aux deux semaines entre le 5 septembre et le 28 novembre 2024. Douze échantillons de sédiments ont été prélevés à chaque visite (504 au total). Les échantillons ont été analysés pour détecter la présence de virus de l’influenza, et les cas positifs ont fait l’objet d’un séquençage génomique ciblé.
Nous avons observé que :
- La surveillance des sédiments permet une détection précoce des incursions d’IAHP et anticipe les tendances d’infection chez la faune sauvage et la volaille (Figure 1).
- Cette approche détecte une plus grande diversité de virus influenza aviaires que la surveillance passive de la faune, ce qui peut servir à évaluer le risque lié à l’IAHP.
- Les virus H5 hautement pathogènes détectés dans les sédiments étaient étroitement apparentés à ceux retrouvés chez la faune, la volaille et les humains de la région (démontrant que les virus présents dans l’environnement reflètent ceux qui circulent activement chez les animaux).
Dans l’ensemble, notre étude montre que l’analyse génomique des sédiments de milieux humides peut fournir un signal d’alerte précoce quant aux incursions d’IAHP et offrir une meilleure compréhension du risque de transmission à la volaille.